アンジェはああなって指揮官の一番の目的のアンジェ救出は失敗したけど、パラデウス総本山の塔は爆撃で粉微塵にして、パラデウス首魁のお父様も生きたまま拘束して大勝利！が慢性虚脱までの話。虚記憶の箱庭では、その帰り道、エルモ号に乗ってブラックエリアを撤退してる最中に突然全人形とシステムがシャットダウンして、その一瞬で指揮官と厳重に拘束していたはずのお父様がエルモ号から忽然と居なくなってしまう。その直後、システム復帰したエルマは「フランクフルトにエルマが来れば指揮官の手かがりを教える」というメッセージをアーサーヒューム博士が作った人形達しか知らない専用回線で受け取る。フランクフルトに一人で行ったエルマは、呼び出した同じヒューム博士製人形Stevens520に会い、ヒューム博士の記憶のタグをメンタルスペース夏の庭園で辿る事になる。すると、パラデウスが使っていた「聖杯」システムの基礎理論を作ったのは、遺跡災害でナニカを見てしまったヒューム博士だという事がわかる。(※ただし理論を書いたうさんくさい本を研究の資金集めとして闇市で売っていただけで、パラデウスには一切協力はしていないし、なんなら協力を拒んで報復で体内に爆弾を仕込まれて最期はエルマの目の前で爆死している)。ヒューム博士は、エルマにも聖杯システムの元となる「泉」に接続できる能力を組み込んでいて、エルマはメンタルスペース夏の庭園にて、置き去りにして忘れていた自身の記憶と融合し、今の自分を消去して夏の庭園の真のあるじとなる事によって、完全体のエルマになり、消えた指揮官の手がかりを得る。最期、エルモ号に残った同じヒューム博士製の人形AR-18に「ルニシアの泉」と「ナーガの泉」という手かがりをビデオで遺して、エルマはパラデウスにも誰にも夏の庭園を悪用されないように内側から閉じ、永遠に留まった。これが虚記憶の箱庭のかいつまんだストーリー内容。他にもヒューム博士が資金集めで縦軸歪曲で登場してたフォックスソロリティと関係してたり、ソ連軍に人形を派遣していたり、国家保安局のゼリンスキーの上司ミーシャと因縁があったり、と色んなこまごました今後に繋がりそうな伏線が判明したりもする。