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優先順位的には、空母を2～3隻、大型艦の内で対空の高い艦を3～4隻くらいでしょうか。命中と回避がLvに依存し影響も大きいゲームですので、育てるなら育てるでLv100前後まで行ってしまう方が良いかもしれませんね。
以下に私の思う見通しを残しておきますので、ご参考までに。
《長期的には》
特定の艦種のみ（戦艦なら戦艦、潜水艦なら潜水艦のみ）で六隻フル出撃出来るくらいにしておくと何が来ても怖くありません。
ここで言う"長期的"とは"最終的"とほぼ同義なので「まぁ、その内ね」くらいに思ってください。
《中期的には》
海域の分岐条件やイベントで艦種を限定される事があるので、各種三隻はある程度のLvにしておくと良いのではないでしょうか。
その上で身も蓋もない言い方をすれば、戦力になる艦＝改造艦ですから、改造用のコア集めをしなければなりません。となると各戦役の"困難"で要求される艦は高Lv（80～90以上？）なものを揃えたい所です。
《短期的には》
ただ、Lv上げが間に合わない内にイベントが来てしまった等という場合も考えられます。その場合、いっその事、主力の6～10隻程度をカンスト近くまで育てておく方が有効かもしれません。
世の中にはイベントの必須艦をほぼ使わずにハードを攻略し切る人も居るので、ノーマル攻略程度を想定するならLvと試行回数で殴るのも有りかなと……。
《追記》
潜水艦だけは運ではどうにもならないので、対潜艦は2～4隻（キーロフ砲装備の軽巡なら尚良し）居ると涙で枕を濡らさずに済む気がします。
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