はじめまして。回答します。
最も高効率なのはやはり「大大大発生」しているフィールド上で飛び回ってそれぞれの群れをチェックすることです。
大大大発生の色違い確率は最大で「1/216」、かつLAは色違いを目視&音で確認可能というのもあり破格の効率です。
この時群れのポケモンを倒したり捕獲したりする必要はないです。あくまでも群れの近くを通って色違いがいるかどうかを軽くチェックするだけにします(そうしないと大大大発生の時間内にすべての群れを回りきれません)
詳細な厳選方法や確率については以下文献をご確認ください。
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また、とりあえずなんでもいいから色違いが見たいということであれば
大大大発生中の群れを全て確認せず、ベースに近い場所だけを見てムラに戻るを繰り返すのも手です。