夢の跡地 ポケモンスーノ・ルーノ制作所

正規のシリーズを顧みても「伝説ポケモンの立ち位置」と「悪の組織との対立構図」が最優先事項な気はします。主観ですが。
なのでそういう前提で案を投げていきます。
私はお金にならない妄想を提供できればそれでいいので都合が悪ければ遠慮なく却下していただいて構いません。

案２
旅立ちの時点でリバース団による革命は大方済んでいた。
御三家が入っているモンスターボールはリバース団傘下の工場製であり、研究所の維持費等々はリバース団に依存している。

やがて旅の途中主人公はジムリーダーと戦いながら力を着けていくがどこも画一的で違和感を覚える。
さらに旅を進める遺跡の調査に出向いているスイセンに会う事になるが、この時にリバース団と与奪の神の存在を知る事になる。
富の均整をとっていた（バージョンによって異なる、ですよね？）与奪の神の力が必要と主人公は考えるがこれを実行するにはリバース団と争う必要が出てくる。
しかし主人公のモンスターボールでありポケモンがリバース団を挟んで得た力である限り、それを用いて彼らに抗う事は困難である。

主人公は最後のジムリーダー・キンセンカがリバース団への出資者である事を知る。