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3つの遺跡の封印が解かれ与奪の神が眠る双塔が出現、スイセンは飛行船に乗って遺跡へ向かい、主人公はそれを追って授与(剥奪)の塔に単身で攻め込む。
しかし僅かに間に合わず、主人公の目の前で封印の解除は完了してしまう
最後の仕上げとしてゴッドマウンテンに向かうスイセンを今度こそ止めるため主人公はスイセンを回収しにきた飛行船へ侵入することに成功、ジムリーダーやライバル、ハイビなどリバース団に抗おうとする有志たちが十分集まるほどの時間を稼いだ(伝説のポケモンの圧倒的な力のためスイセンを止めることまではできなかった)
スイセンがゴッドマウンテンに到着したのと時を同じくして、スイセンが選ばなかった方(パッケージ側？)の伝説ポケモンが復活、力尽きた主人公を再び立たせた。
儀式によって支配を完成させようとするリバース団とそれを防がんとする人々の最終決戦が始まった。
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