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一応次のようなワークフローでやっていこうと思いやす。

１当たり判定ルームをそのままメインルームとして活用し、それをコピーしてタイル追加ルームを作成します（この時点で当たり判定が共有されます）
２タイルが完成したらタイル追加ルームをGITにプッシュします。
３受け取ったタイル追加ルームのタイル情報をツールを使ってメインルームにコピペします。
３当たり判定の変更やステージの追加の変更が起きたら１を繰り返します。

複数ルーム＋コピペの自動化ツールというものにとりあえずなりました。
ツールといってもタイル追加ルームの.yyファイルにあるタイル情報を抜き取りそれをメインルームの.yyファイルに上書きするというだけのものです。
一旦はこれでコピペ作業が一瞬で終わらせることができます。

ここからまたいろんな問題がありますがとりあえずこれでなんとかやっていきます。
アイデアありがとうございました。