GameMaker 日本語掲示板

layerはグループのように使うことができていろいろ便利です。

• layer毎に表示を制御できます
• layerにはdepthが割り振られ、layerに配置されたオブジェクトのdepthを一括で管理できます
  （layerに配置したオブジェクトはlayerのdepthになります）
• レイヤースクリプトが使えます
• レイヤーにエフェクトをかけることができます

このように、layerはdepthと関係ありますが、depth以外にも様々な役割を持っています。

しかしlayerのdepthだけでは処理できないことがあります。
例えばy値をdepthに反映させる（見下ろし型ゲームで手前のキャラを前面に表示させる）処理もその1つです。
レイヤー毎ではなくインスタンス毎にdepthを制御したい場面はたくさんあると思います。

という感じで理解しています。