Microsoft Access 掲示板

1.バックアップ取得について

Excel形式でエクスポートではなくテキスト(CSV)形式にする
または、
Accessのテーブルとしてエクスポートする
とかでどうでしょう。

サイズ問題に関しては、
毎日１時間ごとにバックアップをとるということですよね。
バックアップとしてどのくらい以前のデータまでさかのぼる必要があるのか不明ですが、
例えば、
本日分と前日分は毎時間分(16ファイル)
それ以前は、その日の最終分の１ファイルを残して削除
１か月以前のファイルは、月初めのファイルのみ残して削除
１年以上前のファイルはすべて削除
というように決めておけば(一例ですので実情にあわせて)
無制限にバックアップのサイズが増えることはないので
現在のストレージの価格を考えたらそれほど負担ではないと思いますが。

２.DB統合について

二つのファイルを合わせても400MBぐらいなら、統合したとしてたぶん問題ないと思います。
テーブル設計がどうなっているのか不明ですので断言はできませんが、
自分の経験でいくとそのぐらいでインデックス破損やDBのアクセス遅延はないように思います。

Accessのファイルサイズ制限の2GBに近くなったら分割を検討するのでいいかと。

MS Office Accessのサイズが2GBを超えてしまったときの対処法 | 俺的備忘録 〜なんかいろいろ〜