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日付 氏名 出勤時間 退勤時間

日付 氏名 区分 時間

日付をまたぐ勤務にも簡単に対応できる気がするのですが、普通は前者のようにするものですか？

実際にどのような流れや方法によってデータ入力が行われることになるか、またどのような勤務形態を前提としているか、どのようなルールに基づいて給与計算を行うか――といった諸々の問題が関わってきますので、正解はないでしょう。

例えば「出退勤時にタイムカード（紙）に打刻する」方式と「ICカードリーダーによって入退室管理を行う（直接電子データとして記録される）」方式とでは勝手が違いますし、また深夜/早朝に渡る勤務が当たり前に発生することを前提としているか否かによっても考え方は変わってくるでしょう。

外部のひと（たとえば労働基準監督署）からみたらぱっと見で把握がしづらいでしょうか？

後者のレイアウトにデメリットがあるとすれば、ごくシンプルに「日付ごとの勤務時間の計算がしにくい」という点が挙げられます。
前者のレイアウトであれば、基本的にはレコードごとに[退勤時刻]と[出勤時刻]の差を求めるクエリを作れば済みますが、後者のレイアウトは[出勤]と[退勤]のレコードが別々に記録されることになるため、多少手間がかかります。
また出勤時と退勤時のいずれかにおいて打刻忘れが発生し得ることを想定した場合、[出勤]と[退勤]のレコードの組み合わせを得るための手順は複雑化するでしょう。