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支払に関しては、本社が支払う場合と工場が支払う場合とでは口座が違うので、メインには格納できないかと。
そういうことなら、両者の関係は一対多の関係になりますので、口座情報は別テーブルにすればいいでしょう。
一例をあげると下記のようなテーブル構成になります。
会社マスター
※会社ID
会社名
代表者名
・・・
本社・支社マスター
※本社・支社ID
会社ID
支払口座ID
本社・支社区分
本社・支社名
住所
・・・
支払口座情報
※支払口座ID
金融機関名
支店名
預金種類（普通 or 当座）
口座番号
口座名義
・・・・
リレーションシップ設定
会社マスターﾎ.会社ID → 本社・支社マスター.会社ID
支払口座情報.支払口座ID → 本社・支社マスター.支払口座ID
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