Microsoft Access 掲示板

●できるだけテーブル同士でフィールドが被らないようにする。（被るのはそれぞれのテーブルの主キーのみとなる）

おおむね、その理解でいいと思います。
具体的には「正規化」をキーワードでWEB検索してみてください。
厳密な設計方の解説がいろいろ見つかると思います。例えば下記のサイト。

正規化 カテゴリーの記事一覧 - もう一度学ぶMS-Access

完全に理解するのは簡単ではないですが、ざっと読んで雰囲気をつかんでおくいいでしょう。

●被らせないということは、残りはクエリでカバーする。

クエリとフォームとレポートですね。
集計、抽出、データ分析などはクエリ、
データの入力、閲覧はフォーム、
データの出力、印刷はレポート、
というように使い分けます。
もちろんそれぞれを組み合わせより使いやすいものにすることも必要になります。

●クエリもごちゃついてくるため、SQLを埋め込んだほうが良い。
●VBAとSQLの使い分け…？

まずはクエリ、フォーム、レポートの機能を理解することが先決ですね。
それで不足する部分を改善したい、より高度の機能を追加したいというときにVBAとSQLを使用するという感じでしょうか。

フォームでと、コンボボックス、リストボックス、サブフォームの機能を理解して利用するとVBAなくてもかなり高度なことができます。
レポートはグループ化の機能を理解すると、見やすいレイアウトの出力が可能になります。