Microsoft Access 掲示板

その要件は、昔からなかなか難しい要件の一つです。
いろいろな方法があると思います。

請求した通りに間違いなく、遅れもなく入金してくれれば問題はないのですが、いろいろイレギュラーなことがありますからね。

期限までに入金してくれなかったり、
一部だけ入金してきたり、
まとめて入金してきたり、
たまに、余分に入金してきたり、
・・・

こちら側にも、入力間違いとか、ありますしね。

これらのイレギュラーにも柔軟に対応できるようにするには、ある程度データに冗長性を持たせることになりますね。

売上テーブルのレコードにはどの請求書で請求したか、を何らかの形で残すものですか？（売上レコードの請求書番号フィールドなどに番号をいれる？）

自分もそのような設計にすると思います。
あと、入金日も持たせるかな。
期限をすぎても、入金されない場合は、再請求する必要がありますので、
再請求時の請求書番号も必要になりますね。
品番に再請求が発生するなら、別テーブルに履歴として保存しておく必要があるかも知れません。

後から誤りが発覚してつくりなおすときに請求書を削除するときには、その後の問い合わせにも対応できるように論理削除にしようと思います

これは、当然そうすべきでしょうね。

削除した請求書に記載していた売上レコードは、別の請求書に記載することになると思います
番号を付与するようにしていても、新たな請求書に記載したときに上書きされてしまうので、過去の請求書に表示させられなくなります

売上テーブルに、請求書番号、削除請求書番号、というフィールドを持たせるか、
別テーブルにして履歴をすべて残すか、ですね。
履歴には上記の再請求も含めて残すといいでしょう。

再請求や修正/削除がどの程度発生するかによってどちらかに決めることになると思います。
別テーブルで履歴を残すというのはそれなりにコストがかかりますので、それに見合うかどうか、検討してください。