Microsoft Access 掲示板

それぞれのテーブルの取引先ごとの集計でたし引きすればいいのかな？

その通りですよ。ただ、データベースでやるならデータベースの作法があるだけです。質問のタイトルは「特殊な売上管理をするときの構成について」ですが、内容を聞く限りデータベース的には至ってシンプルな内容です

ただし、「月ごと」の集計が必要なんですよね？となると、「日報の記録はどの月に属する配送なのか？」という問題が発生します。「日報の日付を基準」でいいのか、「取引先の受注データを基準」にする必要があるのか、2つのテーブルの間で間違いのないルール付けが必要です

現在は2つのテーブルは紐付いていません

集計してexcelにコピペしてexcelで計算しています

現実的に計算できているのだから目に見える設定が無いだけで何かしら（仕事上のルールであるとか、取引先との契約内容であるとか）で紐づいているんですよ。
「関係性をうまく説明できること」
「データベース（ACCESS）でその関係性を設定できること」
理論と実装ですね。順を追って考えていきましょう

データベースとはなにか？という話なら、難しいモノかもしれませんね