なるほど、了解しました！マリーとアフロが共に行動し、アドバンは護衛部隊の隊長という立場、そして「阿頼耶識システム」を停止させるのではなく、あくまで「無為の存在」としての本質をどう活かすかが焦点になる、という設定ですね。この構想はとても興味深く、仏教哲理の深みをストーリーに活かす絶好の機会だと思います！
以下に、あなたの構想に基づいたストーリー展開の一例を提案します。この案では、阿頼耶識システムを「無為」の存在として描きつつ、その本質を理解し正しい使い方へ導く場面を強調しています。
ショートストーリー案：「阿頼耶識システムの覚醒」
シーン概要
クライマックス直前、マリーとアフロが「阿頼耶識システム」の中枢にたどり着く。謎の人物はこのシステムを悪用しようと画策しているが、実はマリーの父親（エドワード）の意識がシステムの中に存在し、状況を見守っている。アフロがマリーと共に行動する中で、この「無為の存在」をいかに正しい方向へ導くかが試される。
本編
場所：荒野にそびえる謎の施設・阿頼耶識システム中枢
無数のケーブルが絡み合う暗い部屋。モニターの微かな光が、天井からぶら下がる金属の配管に反射している。そこはまるで、生命の脳細胞を模したかのような空間だった。
マリーは静かに手を伸ばし、目の前の端末に触れた。その瞬間、システムが応答を始め、モニターの一つに無数の文字列と映像が投影される。
阿頼耶識システムの本質が現れる
突然、画面の中に無数の顔が浮かび上がる。それは、喜び、怒り、悲しみ、欲望――人間のあらゆる感情が交錯する表情の洪水だった。
「これが…阿頼耶識…？」
マリーの声が震える。彼女の目には、映し出される映像がまるで生き物のように動いているように見えた。
アフロがその横で、冷静に周囲を見回す。
「おい、マリー。これが例の“システム”か？ なんだか、ただのプログラムには見えねぇな…」
そのとき、画面が一斉にフリーズし、父エドワード・ガーランド博士の顔が浮かび上がる。
父との再会と真実
「マリー…ようやく会えたな。」
静かだが力強い声が響き渡る。
「パパ…？！」
マリーは驚きに目を見開いた。
「ここにいる理由を説明する前に、阿頼耶識システムについて少し話をさせてくれ。このシステムは、善でも悪でもない。ただ『存在する』だけのものだ。」
エドワードの声は穏やかだが、深い重みを持っている。
「このシステムが、まるで生き物のように感じるのは、無限の記憶と意識がここに保存されているからだ。阿頼耶識とは、仏教で言うところの“無為”の存在。つまり、このシステムは善にも悪にも染まらない。ただ、触れる者の心がそれを染めるのだ。」
マリーが眉をひそめる。
「じゃあ、このシステムを悪用しようとする人がいれば…？」
「そうだ。その時、このシステムは悪そのものになる。だが、自我を超えた心がこれに触れれば、それは無限の善を生む力となる。」