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運が絡む要素を除けば主にエインヘリアルの編成と、あと兵士の確定排出くらいしか盛れませんね……
後は兵士の合計レベルと料理回数くらい？　こちらは割と自然とやってるかと。

スコアの違いは仰る通り、クリアタイムでかなり変わってくるようです。
計算式が違うので、同じクリアタイムでも結構な差になっているようですね。

あと、すみません。文の意味を取り違えていたら申し訳ないのですが、
「ショップで全部盛りを買う」っていうのは"冥界の牢獄の覇者"を買いたいって事ですかね？
アレは別々に各種戦果ボーナスを満たせば良い（最近追加された禁断撃破は含まれていないと信じたい……）ので、弓兵部隊だけがネックになっているのであれば、レンジャー系や炎の射手系のエインヘリアルを適当に人ほど投入すれば簡単に達成できます。
エリート部隊や多様性と同時に満たすのは厄介ですが、単体のボーナスだけなら気にしなくていいので。