紅魔郷のWebマニュアル(https://www16.big.or.jp/~zun/html/th06man/index.html)より、
・敵弾ボーナス
中ボス、大ボスの段階が進むときなど、画面内の敵弾が全て得点に加算されます。
画面内の敵弾が多ければ多いほど高得点になります。
とのことです。
大妖精撃破後のボーナスはたぶんこれなので、仮に画面内の弾が0ならボーナス点も0になるのでしょう。もとの紅魔郷の頃から起きた現象だったかと思います。
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念のため撮っておいたリプレイ見直しました
確かに弾が画面上になかったので0点だったみたいです。
ありがとうございました