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moon様
詳細なご検討を頂き、ありがとうございます。
私の場合も、Plotterではジャンプが表示されるのに、Mission Plannerで作成されたKMZファイルではジャンプが表示されない症状を経験致しました(Facebookに投稿済み)。不思議に思い、KMZファイルを解析しましたところ、KMZファイルに記載されている位置情報はLOGファイルのPOSの位置情報(JSONファイルの位置情報と同じ)と同じでした。ただし、Google Earthで表示されている位置情報はPOSの数分の一でした。つまり、Google Earthは記載の位置情報を間引いて表示していることになります。ジャンプが表示されないのは、間引く際に何らかの補正を行っているためと思われます。なお、私のフライトでは、高度に関しては先の投稿グラフのz軸(高度)の変化のように、ジャンプ時以外でもGPSとPOSによる高度が異なる場合もあることから、POS-AltはBarometerの値を採用しているものと思っていました。
また、ジャンプが発生する10秒以上前からGPSの位置情報とPOSの位置情報がズレていることから、moon様ご指摘のように、ジャンプの発生にはGPSによる位置情報のエラーばかりではなく、IMUの姿勢情報も何らかの影響を及ぼしているのかもしれません。
もう少し詳細に検討する必要がありそうです。