GameMaker 日本語掲示板

複雑な場合は怪しいところの前にブレークポイントを置き、ウォッチウィンドウを開いて見たい値を監視するってことを自分はやっています。
ウォッチウィンドウは現在のブレークポイントのの箇所にある指定した変数の値を見ることができる機能で、ウィンドウに直接変数名を入力するとその値を見ることができます。（デバック実行中Debugger -> Watchからウィンドウを表示可能）
通常の変数だけでなく、配列、構造体などの変数も指定可能です。
基本ステップオーバー（関数飛ばし）で実行をチェックして、値が変化した関数があった場合ステップイン（関数の中に入る）して中身を確認しています。

ただ、そこまで複雑じゃない場合は自分もあさまどさんみたいなやり方もやってますｗ

また、設計の段階では他のインスタンスから直接変数の値を変化させないようにしていたりもします。
インスタンスの変更をする場合はできるだけ関数を介して変更します。
そうすればその関数の中に一つブレークポイントを入れるだけで、値の変化を監視することができます。
そうでない場合、変化のある箇所全部にブレークポイントを入れる必要がでてきてしまいます。