【ゴールデンカムイの謎】
【謎】

普段の読み方が、謎になっていてもそのうち明らかになるだろうからいいやと素直に読んでおり、ここまで突っ込んでオンゴーイング作品を考えるのが初めてのため、究極は、アイヌ虐殺事件の真相、ウイルクの狙い（戦略面を最近考えてます…）が明らかになればキロランケの生きた意味もわかる…と藁をもすがる感じ、かつ、その他は「あえて言えば」感満載なのですが、今や本誌で解き明かされる段階になってきましたね。鶴見中尉や尾形の目的、いご草ちゃんの生死。
ウイルクのことはアシリパにもつながることなので、その頃には連載が終わってしまいますし、痛し痒しです。

ウイルクはなぜアイヌのウイルクではなくのっぺら坊として逮捕されたのか

顔を失い、黙秘を貫いたとしても、その正体が明らかでないということはなかなかないことではと思います（フィクションでなければないことくらいあり得ないかも？）
中型さんがあげてくださった文献に、当時の国籍法に照らすと、妻は夫の国籍に入るので、外国人と結婚すれば日本国籍を失うとあったそうです。するとまず国籍を得ないと結婚はできない。日露出征の経験のあるキロランケは確実に日本国籍を持つ帰化者ですが、ウイルクはあるいは国籍未取得の可能性があるだろうか…と。そこに何か彼の計画に関係することがあるだろうか？と。
でもアシリパは和名を持つ日本国籍者なんですよねぇ…謎です。

・土方歳三の蝦夷共和国

先住民族とは共存方針、日本国家の緩衝国家としておく、というのの真意、実現性。
結局ウイルクの狙いと関わってきます。
実在の人物の真の愛国心とは！といったかなり踏み込んだ心理が内包されているようなので、あまり詳しく描かれないかもしれないですが、歴史ifとしては面白いです。

・ロシア革命時、本当に極東勢力はあったのか

これは調べればわかることなのですが、文献を探すのがなかなか厳しく、帝政ロシアの極東政策調査などでいったん止まっています。