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下記グラフは、Plotterのグラフでエラーがないと思われるフライトのLOGファイルのGPSの捕捉数(赤線)とGPSのHDop(緑線)を表示したものです。

このグラフを見ますと、全領域で捕捉数は7以上、HDopはほぼ0となっています。また、前述したLOGファイル中の"Pos"項中のRelOriginAltにもエラーが発生していません。したがって、飛行軌跡にジャンプが現れる原因の一つにGPSのエラーがあるのかもしれません。ただし、GPSエラーが発生する時刻と、Plotter上でエラーが発生する時刻が必ずしも一致しないのは、denkado様が仰有るようにカルマンフィルターによる推定が関係しているのかもしれません。
ところで、私のフライトデータに限ったことかもしれませんが、飛行軌跡にジャンプが発生したJSONファイル中のエラー箇所を、ある程度特定することができます。そこで、エラーの発生を未然に防ぐのが難しいのであれば、得られたJSONファイル中のエラーデータを、前後の時刻の正常なデータから計算あるいは補完して、修正することが可能ではないかと考えています。このようなエラーの修正に意味があるのかどうか、皆さんのご意見を頂ければ幸いです。