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2013春のサービス開始当初から「旗艦が大破していると出撃・進撃できない（ダメコン進撃は回復するので除く）」「大破状態で出撃・進撃しないと轟沈しない」という2つの仕様があるため、「そもそも出撃中の艦隊旗艦は絶対に空白になれない」という内部設定になっているのだと思います。連合艦隊というシステムは2014夏からの後付けですし、同時に実装された護衛退避でも第二艦隊旗艦は対象外（＋第二旗艦が駆逐でも護衛役選定から除外される）になっているのでほぼ運営想定通りの仕様かと
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