艦隊これくしょん -艦これ- 攻略 Wiki*

大型電探は赤文字で回避にマイナスが付く場合がありますが、命中に影響を与える例は魚雷電探共になかったと思います（寡聞にして知らず）。海防艦/海防戦艦は小口径主砲でもマイナスになりますがあれは海防艦カテゴリー共通のペナルティであって主砲のせいじゃないから別件ですかね。

特殊なマイナス補正がかかる、と言う例は現状特に無かったはずです。一応、木での質問が「大口径・中口径主砲以外」でしたのでその点補足しますと、小口径主砲にも補正はあります(ただし命中プラス補正)。知られている範囲だと、露駆＋130mm B-13連装砲、米駆＋5inch単装砲 Mk.30系列、J級駆＋QF 4.7inch砲 Mk.XII改、睦月型＋12cm単装砲改二、軽巡級＋12.7cm連装or単装高角砲(後期型)、海防艦＋12cm単装高角砲E型系列、等。
その他の装備に関しては、現状は見えないマイナス補正がかかると言うことは無いかと(装備自体の命中値や装備搭載時の赤青文字補正はもちろん影響を与える)。
1枝に有る海防艦記述が誤解を生みそうなので補足しますと、海防艦は装備に関係なく砲撃命中率が低いです(素手でも対潜装備でも、上記フィット砲以外の小口径主砲を積んでも関係なく、単に素の命中率が低い)。なので「小口径主砲にマイナス補正がある」と言う仕様ではありません。