艦隊これくしょん -艦これ- 攻略 Wiki*

詳しい仕様は航空戦ページに有るためそちらに譲る(基地航空隊も、基地vs敵艦隊で航空戦を行っているだけで基本仕様は同じです)として、大まかな説明を。航空戦の流れは以下の順になっています(被撃墜が発生する数字を赤文字表示)。
　I.両艦隊の制空値を比較し、制空状態を決定する。
　II.制空状態に応じて、Iに参加した機体全てに撃墜が発生する
　III.制空状態とは関係なく、航空攻撃を受ける艦隊の対空砲火が行われ、航空攻撃を行える機体に対して撃墜が発生する
　IV.残存した機体で航空攻撃が行われる
このうち、IIで行われる被撃墜には対空射撃回避は適用されず、有り無し関係なく平等に撃墜されます(ただし噴式機のみは、対空射撃回避とは別の、ここでの被撃墜も軽減する特殊能力を持っています)。
IIIで行われる被撃墜は、対空砲火を行う艦隊の対空兵装によって大きく強さが変動し(ツ級等の「対空特化兵装を持った」敵艦が居ると多く落とされる。質問主さんの質問２はこのこと)、また対空射撃回避によって撃墜数を軽減できます(質問主さんの質問３はこのこと)。
上にあげた「噴式機かそうでないか」「対空射撃回避の強さ」は被撃墜数に影響しますが、それ以外の性能差や熟練度は関係しない、で合っています。例えば同じ基地航空隊に「九六式陸攻(改修や熟練度無し)」と「銀河★max熟練度>>」を同時に配備した場合でも、両者は同等に被撃墜を受けます。ただし機体ごとに乱数でランダム要素があるため、特定の回だけ抜き出せば「九六式の方が生き残っているように見える」「銀河の方が生き残っているように見える」と言ったことは起こり得ます。