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以前（>> 1631）にも同様の報告があり、どなたか分かる方が返信してくださるのを待っていたのですが、
ずっと何も反応がないので、ひとまず返信いたします。
申し訳ないのですが、解決法までは分かりません。
原因として、関係ありそうだと思った点だけ書きます。
まず、記事の構造として、親記事「ゲーム内用語一覧」から子記事「ゲーム内用語一覧/あ行」などをincludexで読み込んで表示させています。
「あ行」の中の目次部分は、子記事「ゲーム内用語一覧/あ行」側に記述されています。
#contentsx(depth=3)↑この部分です
この目次は、子記事「ゲーム内用語一覧/あ行」だけを閲覧しているときは正常に働いています。
が、この部分を親記事「ゲーム内用語一覧」にincludexしたことでおかしくなっているようです。
どうやら、あ行以外の見出し（か行の「かけだしリサーチャー特典」など）も取得して表示しているみたい？
また、わ行については、そもそも子記事「ゲーム内用語一覧/わ行」内に項目がなく、空です。
が、目次だけが設定されており、この目次が上記と同じ挙動を起こしているようです。
詳しい方、解決法をご存知の方、直接修正するなりコメントなりいただけると助かります。
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試行錯誤したらなんとかなった…かも？
子記事「ゲーム内用語一覧/あ行」の
を#contentsx("page=ゲーム内用語一覧/あ行", "depth=3")に書き換えることで、「このページ内からだけ引っ張ってきてね」という指定をしました。同様の修正を「あ行」～「わ行」まですべての子記事で行いましたが、子記事内にincludexを持つ「た行」「ま行」はinclude部分の除外も含めて
#contentsx("page=ゲーム内用語一覧/た行", "depth=3", "include=off")としました。表示がおかしい方は、まずは再読み込み・スーパーリロード（PCの場合Ctrl+F5）・ブラウザのキャッシュクリアなどを試していただき、それでもおかしかったら、またご報告いただけると助かります。