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セファロンの時点でセファロン同士のネットワーク(Octaviaの賛美歌で言及されたセファロン集合体)と原則として接続されてるので(集合体側から切り離す事も可能と描写あり)、船に搭載された通信機器との切断はあまり重要な要素ではない気がしますが
漂流者がミッションで使っていたのはグリニアやコーパスの船なので、直接的にはセファロンがオービターから遠隔操作するのを前提としていない船の操作をする為
さらに言えば短距離機のランディングクラフトを目標地点周辺まで運ぶオービター(厳密にはその一部)をキャンプに隠している為にランディングクラフトでは移動可能距離が不足して別勢力の船を使用せざるを得なかった為、辺りの気がしますね
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