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多用されると負荷が大きくなるため、あまり使用して欲しくない、一部のブラウザで動作しない、
将来機能しなくなる可能性がある、将来廃止することを検討している、お試しで実装している、
忙しくて記載する時間が取れない（さんぷるWikiの方には掲載されていたり※1、未完成下書きがあったり※2）…
…そんなところだろうと思っていましたが、概ねそのようですね。
※1 font、jumplist、shadowheader、showrss2、table_edit、tag、tvote、など
※2 tomorrow_schedule、など
問題は、全て運営側の一方的な都合であることと、
ユーザーには非掲載の理由が不明なことです。
（サービス業でありながら、どちらを向いて仕事しているかという話になってしまいます）
標準プラグインと拡張プラグインに分けて掲載したいならそれでも構いませんが、
マニュアルには、実装されている全てのプラグインを掲載いただき、
非推奨の場合は、非推奨である旨とその理由、自己責任で使用する旨を記載すれば、
よろしいのではないかと思います。
現状ママでは、例えばcontentsxやinclude2、includexは積極使用OKなのか、
それとも使用はできるだけ控えた方が良いのかすら（その理由を含めて）判断できませんが、
例えば「MenuBarでの使用は、負荷が大きくなるため非推奨」など具体的なアドバイスが書かれていれば、
大いに役立つだろうと思われます。
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賛同します。使えるにも関わらずマニュアルに掲載されていないと混乱を招く原因になります。(一般論としてマニュアルに記載されていないのに使えるというのも意味不明ですし。)
仮に非推奨や今後廃止される予定があるならその旨記載されていればすんなりと受け入れることができます。(むしろ廃止予定ものを明示することで該当Wikiで早めに対処することが可能です。)
また、他のWikiを参考にすればいいというのもいささか乱暴に思えます。マニュアルを整備したうえで活用事例として紹介する分には自然ですが、不完全なマニュアルのまま「他のWikiを参考にしてください」はいかがなものでしょうか。言い方は悪くなってしまいますが、現在の姿勢はユーザーに対する透明性に欠けるものだと感じます。