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仮に限定任務の全クリアなどを目指すのであれば、最終的には全艦を１隻ずつ以上揃えたうえで近代化改修素材などの余裕ができる数、きちんと数えてはいませんが恐らく350程度以上になるかと思います。とはいえ、特定のイベント限定でしか掘れない艦などが内訳の多数を占めるため、すぐに必要になるわけではありません。上の数はそれこそ「がっつり続けていけば、数年後には」みたいなスパンの話なので。初心者のころであれば、通常海域でも掘れる平凡な性能の艦をどの程度残したいかにもよりますが、「残したい艦≒ロックしている艦の数」に10、多くて20程度(ドロップ艦の入手や建造、近代化改修素材のため)の空き枠があれば十分快適にプレイできると思います。
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やはり通常海域で掘れるような子はどんどん改修素材に回して、主力艦と海外艦などのレア艦だけ残していけばいい感じなのでしょうか？
通常海域で掘れる艦でも一線級の戦力になる艦、逆にイベント限定みたいなレア度だけど戦力面ではあまり頼りにならない艦、みたいに結構ばらつきがあります。また、期間限定任務等では「誰々を入れてこの海域をクリア」のような指定がされることも多く。もしこういったものまで全クリしたいとなると、通常海域で掘れる艦でも１人は育てておきたい……というのがある種お約束的回答です。ここは本当にどのあたりを「快適なプレイ」に位置付けるかによります(プレイスタイル次第)。個人的な感情としては、とりあえず100枠でできるところまでやってみて、埋まったころに「このゲーム続けられそう」って思ったらそれから適宜母港を広げていく、みたいな選択肢も挙げておきます。