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HS値が小数点以下2桁までしか設定できないのは(恐らく)太鼓チームが使用している譜面エディタ側の制約であり、太鼓の達人のゲームシステム上では桁数の制約は特にありません。
また、ゲーム内部ではHS等の値は2進数の小数で扱われており(単精度浮動小数点数/float型)、これを10進数に直すと1.0099999904632568359375のような値になります。(1.01を2進数(float型)に変換して10進数に戻した値)
解析画像をtxtに戻した際のHS値が上記のような値になっているのはそのためです。
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なるほど、ありがとうございます