個人的な意見としては成績が原曲と共有されるか否かによると思います。共有されるなら「楽曲は同じだが音源が違う」扱い(例:トゥラッタッタ新音源)、共有されないなら「そもそも楽曲が違う」扱い(例:エンドリにじさんじ版)が妥当ではないでしょうか。もし後者の扱いにするなら楽曲名は「エール・エクス・マキナ!(マキナ the DARK)」「ダーク・エクス・マキナ♡(まきな)」が良いと思います。
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個人的な意見としては成績が原曲と共有されるか否かによると思います。共有されるなら「楽曲は同じだが音源が違う」扱い(例:トゥラッタッタ新音源)、共有されないなら「そもそも楽曲が違う」扱い(例:エンドリにじさんじ版)が妥当ではないでしょうか。もし後者の扱いにするなら楽曲名は「エール・エクス・マキナ!(マキナ the DARK)」「ダーク・エクス・マキナ♡(まきな)」が良いと思います。