アストラエ・オラティオ(Astrae Oratio)／BlueArchive_team_fandom

僕にはあまり賢い回答はできませんが、諸兄との呼びかけですし、色々意見をお求めかと思うので、足しにしていただこうかと思います。

埋設された地雷の処理方法について、爆発させずに発見除去するだけでなく、重機など使ってわざと爆発させた後、再爆発はしない地雷を回収していく手法があるそうです。
名称を敢えて寄せているのはそういう効果を狙ったのではと思います。
もし、まほ活がご懸念の活動を直接想起させない名称、課外活動部とか、だったとしましょう。その上で所属キャラクターが、主任含め異性と互いの事情を理解し合うような「関係が深まる」イベントが起きたとします。その時、港区を比較的よく知る日本勢で特にシニカルな層から、「これはあの活動ではないか」と結びつけて拡散される可能性はどのみち低くないのではないでしょうか。
今回、対日本のみあの活動と語呂が合う名称で公表されましたが、そうした形で公式が先に起爆しているので、前述のシニカルな意見が出てきても、「いや、まほ活だから。そういう文脈じゃなかったでしょ」と運営にしろ他のプレイヤーにしろ冷静に反論しやすくなるかと思います。杞憂ですよ、と。

上記が対日本限定でまほ活と表記されている＝港区に馴染みが薄い非日本勢にその表記を推す必要がない理由と考えているので、名称由来でダークに持っていくことはないんじゃないかな、というのが僕の意見です。
闇がある展開があるとしてももっと別の角度かな、と。