オートセーブはオートセーブ。セーブはセーブで別。セーブ1にクリアデータ、2に新規なら両方維持。オートセーブは1のデータロードした状態でオートセーブされたら1のデータのオートセーブで枠(確か10)が1つ埋まる。2のデータロードでオートセーブしたら時に枠が残ってればオートセーブ2として枠消費しつつ1のオートセーブデータと共存。この時枠が埋まれば古いほうから上書きされるから1のオートセーブデータが消える。でもセーブの1のデータは残るので問題なし
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質問の内容は、目に見えるセーブデータ枠とは別に実績やデカールなどを保存した共有のシステムデータがあると仮定して、ニューゲーム後に保存するとそっちに影響が出るんじゃないかみたいな話だと思うよ