リクエスト広場

これらの点は利用者全体の公平性やシステム負荷、運営方針にも関わるため、機能追加の是非については 引き続き議論が必要 になると考えています。

という部分は「利用者の個々の事情に基づく議論が活発に継続されたのち、挙げられた要望や案についてwikiwiki運営が公平性・システム負荷・運営方針をベースに総合的に判断する」と解釈しております。したがって壁打ちのような様相になっても、各利用者のそれぞれの立場からの発言は重要だと認識しております。

この解釈と利用者のあるべき議論スタンスについて討論したいわけではないので、popularプラグインに関する意見を述べさせていただきます。
はやしさんが整理された、「popularが示す数値のうち、総数ではなく直近の数字を使えばよいのでは」「Googleアナリティクスを使えばよいのでは」という２つの論点について、某スマホゲームのwikiの管理者として意見を表明します。

「popularが示す数値のうち、総数ではなく直近の数字を使えばよいのでは」

「今日100があるのだから人気100の重要性は薄く、削除されたページにはアクセスカウンターが増えていかないのだから、カウンターリセット等の機能がなくとも十分で、新機能の開発のリターンが薄い」という旨の主張と理解しています。
私が管理しているwikiの今日100には、最近更新されたページや、ゲーム側で追加された新要素・新キャラクター、直近で開催されるイベントがリストアップされます。
一方、人気100では、登場するキャラクターの一覧ページや、日課・週課の攻略情報が集約されたページ、ゲームシステムの解説ページなど、長期間に渡って一定数の需要があるページが上位に並んでおります。
したがって、総数と直近では差別化がなされています。両方をリストアップするページを置くことに意味があるのであれば、人気100に残りやすい、削除前・リネーム前の人気ページのカウンター数への対処を実現していただきたいのが要望です。
（wikiwikiで新しくwikiを立てるとき、今日100と人気100はあらかじめ用意されており、メニューバーにもリンクが設置されていたものと記憶していますので、wikiwiki運営側もこの２つの差別化については認識されていると考えています）

Googleアナリティクスを使えばよいのでは

過去の款冬華さんからの発言が、十分に理論的に利用価値を説明していると思います。

編集の優先順位を決める手がかりになります。編集者はそのページの品質向上に注力できます。ボランティアベースの編集に頼っている大半のWikiは重要な動機付けとなります。閲覧者にとって、PV数が多いページは信頼性や関心度が高いと映る場合があり、さらなるサイトの探索や利用者のエンゲージメント(愛着や深い繋がり)を促進します。

すべてのWiki管理者が高度な分析ツールを導入するための技術的知識を新たに吸収して実践できるとは私自身は到底、思えません。popularプラグインは簡易な指標として価値があります。設定やアクセス解析ツールであるGoogleアナリティクスなどの高度な分析ツールを理解して扱うにも、それなりの時間と専門知識が必要であり、すべてのWiki管理者が利用できる環境を整えたり、普及活動のために技術的知識を手に入れたいとは限りません。私自身も含みますが、PCを持たずしてモバイル端末だけで管理する者もいます。

（前略）Pukiwiki1.4(2003年リリース)で標準搭載され、利用者のアクセス傾向を簡単に知ることができます。todayとtotalは共に長年、どのWikiでも作成当初からMenuBar最下部にリンク表示されて使われてきたプラグインですので有用性は十分に裏付けされているでしょう。

上記の発言に全面的に同意します。
また、専門知識に疎い管理者・編集者以外にも、利用者にも恩恵がある旨の主張も付け加えさせてください。
長期間にわたって運用されるwikiでは、どうしてもメニューバーが複雑化したり利便性が低下したりする傾向があると考えています（こちらについて事例が必要であれば挙げることもできます）。
その中で、サイト内のカウンター統計が機能している人気100は、新しくサイトを利用したユーザに対してMenuBar・サイト内検索に各ページへ遷移するためのもう一つの選択肢を付け加えることとなり、一定の利用価値がないでしょうか。
ここがリネーム等で十分に機能していない・リンク先が存在しないと表示されるのであれば、やはり修正の意義があると思います。