少なくとも現代のIFFは「通信に適切に応じたら味方」「通信に適切に応じないなら推定:敵」でしかないはず。つまりIFFが壊れて互いに「こいつちゃんと応答しないな」ってなってれば「たぶん敵」になる
テンノに関してはフレームは現地にあるけど「別途オービター側で相互の位置を送信しあって・マップ上にプロットしてる」とかならマップ上の表示としての味方位置の方は影響を受けない理屈にはなるだろうし、「味方撃ち防止機能はフレーム側のIFF依存」とすればFFは起きる理屈も通りそう
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