結論から先に書きますね。
Webm形式動画の編集は、Copyでの編集が出来ません。
エンコードが必要になります。
YouTubeの動画には大きく分けて2種類の動画コンテナが使われています。
コンテナとは動画ファイルとする為に、映像と音声のデータを纏めて入れておく「箱」と思って下さい。
ひとつは以前から使われていたMP4形式、もうひとつが最近使われているWebm形式です。
この他にもMKVなど種類はたくさんあるのですが、YouTubeではこの２つです。
どのコンテナも中身となる映像と音声のデータ、追加で例えば字幕ファイルなども入ります。
YouTubeの動画では、どこから視聴を始めるかに使われるGlobal tagsファイルも入っています。
動画として読み出す時の設定みたいな物ですね。アナリティクスにも使われるらしいです。
よく勘違いされ易いのが、MP4って1種類と思われている点です。
上で書いた通り、MP4形式はただの「箱」なので、中に何を入れるかによって性質は変わってきます。
例えば映像にH265圧縮形式を入れ、音声にFLAC形式を入れる事もできます。
当然ですが形式によっては、コーデックが無いとPC上で読めません。
YouTubeの話しに戻りますが、問題になるのがWebm形式の中身です。
これに使われている映像コーデックはご存じ通りVP9という圧縮形式です。
AvidemuxはVP9形式は読めます。Copyでの書き出しも「MKV形式」なら出来ます。
要するにWebm形式からMP4形式にするには、コンテナ構造が違う為、エンコードする必要があるんです。
ちなみにMKV形式はエンコード無しでファイルを出し入れ出来る優れた形式です。
字幕やチャプターを追加したり、複数の映像や音声を組み込む事も出来ます。
ファイルがデカくなる欠点はありますがｗ
また、YouTubeのWebm形式で使われている音声形式でOpus(オーパス)があるんですが、
これはAvidemuxでは読めません。非対応です。
この辺も話すと長くなるので詳しく書きませんが、高解像度を拾ったりすると、これになる場合もあります。
この解決策というか回避する方法もあります。