＜Infinite Dendrogram＞ Wiki

元ネタであろうFateのアルケイデスの「神獣の裘」のように、「人の手によって作られた道具」全般じゃない？
バルドル、フェンリルのようなエンブリオや特典武具、【紅蓮鎖獄の看守】等のドロップ武器・防具は道具であっても人の手によって作られたもので無いから通るんだろうけど

現状そんな感じですね
元が手が入っているので救命のブローチなんかは文明判定ですが大半の特典武具は文明判定外です
超級到達時に進化したら少し変化し、
人の手が入っていようがいまいが存在のジャンル的な物が文明由来なら文明判定が出るようになります
特典武具で剣を得たとしても人の手は入っていないけど剣そのものは文明に由来する概念である、みたいな
どのタイミングでも杖などを介さず直接放たれる魔法や素手での打撃がよく効きます

エンブリオは寄生体や共生体って言われるくらいには存在のジャンル的に生体扱いだから攻撃が通るのは変わらないか

人の文明において道具として扱われたことがあれば対象ならば人の肉体だってアウトなわけだし、超級エンブリオに進化しても素手で殴るのがOKなら特典武具や、ドロップ装備もOKだろう
着ぐるみなんかも毛皮を剥いでそのまま着てるようなものだ

概念やら認識やらが絡んでくるのですが、
例として槍のように尖った岩がある時、根元からへし折って振り回してもそれは文明とは認識されません
ですが、全く同じ形の岩でできた槍を杖を使わず魔法で作ったとしても超級時は文明と認識されます
実体はある程度置いておいて形をどう定義するか
逆に言えばエンブリオや特典武具、ドロップ装備などは
たまたま○○に酷似しているだけでこれはれっきとした自然由来の品、文明ではない
と本心から信じ込んだならばどれだけ文明的であれ文明とは扱われません
後、人の文明で道具として扱われたことがある物ではなく人が道具などとして作った物が対象です
こちらはどちらも加工されていない同じ形の石(道具として扱われたことがある物)と石器(道具などとして作った物)があったとして
石は文明でないですが石器は文明として扱われるといった違いです