憲法九条の改憲によって海上自衛隊から海軍へと名称が変わると、それに伴うように軍拡が行われた。1986年に航空母艦「ほうしょう」が建造、戦後初の空母機動部隊として第1空母群が編成された。その後多くの論争と運動の末、あかぎ型原子力空母が2隻建造されたことをきっかけに日本海軍の空母部隊は拡大し15個の空母群が編成、現在まで日本海軍の主力を担っている。
部隊
水上艦隊
8つの艦隊からなる水上艦部隊。11隻の大型空母と4隻の軽空母を保有、整備ローテーションによって常に半数の空母が即時展開が可能なように整備されている。長らく最も高い練度を誇る第1,2空母群が水上艦隊の最精鋭として憧れの的だったが、最新鋭の装備を多数導入した空母たいほうの第9空母群が結成されて以降、多くの訓練生が第9空母群の水兵を目指すようになった。
潜水艦隊
存在を忘れてることが多い潜水艦隊。5つの潜水隊群で構成される。日本の基地でその姿を見れることは多くなく、ヴィリュチンスクなどの外地の港湾部でよく目撃される。特殊作戦などにかかわるため開示される情報は少ない。
支援艦隊
水上艦隊や潜水艦隊を支える支援部隊。日本海軍最大の艦艇であるいぬぼうさき型船渠艦もここに配備されている。艦艇の海上修理以外に物資輸送も担当しており、50隻以上の貨物船を予備輸送隊として保有、有事の際に物資輸送のため動員される。大型船舶の修繕を行える設備のないチューク諸島ではいぬぼうさき型が1隻常駐し艦隊の修理を行っている。
海軍特殊作戦部隊
海軍所属の特殊作戦部隊。専門分野ごとに5つの部隊に分かれている。市街地戦を専門とする第1,2隊、熱帯地帯での活動を専門とする第3隊、山岳戦を専門とする第4隊、夜間作戦を専門とする第5隊に分割され各地の訓練施設で高度な戦闘訓練を行っている。幻の第6隊が存在するという噂が流れているが本当に噂で存在しない。
航空集団
空母艦載機や哨戒機、対潜ヘリを運用する航空部隊。日本周辺の対潜警戒を担う「鯨狩り」として日々哨戒を行っている。空母が修理中の空母航空団は陸上基地での整備や発着艦訓練に忙しく、常に他の航空団に負けぬよう練度を高めあっている。
主要基地
横須賀海軍基地
舞鶴基地
佐世保基地
呉海軍基地
大奏基地
チューク諸島泊地
カムチャッカ軍港
リンガ泊地
マニラ海軍基地