ジャンプの例は自然現象に反する＝非直感的≒初心者に厳しいという構図を否定するものじゃないでしょうよ
ゲームそのものが初めての子どもにとっては空中で慣性を操作できるという現実と異なる挙動は多少学習コストがかかると思うよ
ただその例の場合挙動に慣れてしまえば操作難易度が下がりゲームとしての自由度が上がるという直感性を上回る大きなメリットがあり、それは>> 87612で言った"どうしてもそうせざるを得ない理由"に相当する
直感性に反する仕様を取り入れるなら常にそのトレードオフを認識して秤にかける必要がある
落ちかけてもジャンプができる仕様に関しては一人用ゲームにおける一方的にプレイヤーに利する仕様だからトレードオフ対象のストレスが存在しないしね
で、あなたが言うところの
- 味方を撃ったら味方が回復するだろうという初心者の勘違い
- 味方の動きという制御できない要素によって自分の弾が吸われるストレス
と - 敵の身体から別の武器の弾が飛び出してくるという非直感的で納得感の薄い現象によるデスのストレス、及び初心者にとっては状況を理解できない謎のデスに映ってしまう可能性
を天秤にかけた時自分の感覚では後者の方が致命的だと言っている
理由は前者のストレスは位置取りの意識である程度能動的に回避可能で、発生した場合も起こっている事象が明確で次から回避しようと学習できるものであるのに対し、後者は発生する状況が予測不能で回避できず（敵が意図的に発生させてくる可能性すらある）、かつ初心者目線何が起こっているのかが不明瞭な現象で学習が難しいから
動くヤグラにめり込んだキューバンボムが突然反対側から生えてきて死んだ時理不尽を感じない？
自分は貫通弾で死ぬ体験はそれと似たような不快感を発生させるだろうと想像してる
このあたりの感覚は持ち武器によっても異なるだろうしあなたが前者の方が重要だと思う感性は否定しないけど、後者をちゃんとした理由じゃないと言われたら流石にそれはおかしいよと言いたくなる
"味方を撃ったら味方が回復するだろうという初心者の勘違い"に関しては該当する人を見たことがないので申し訳ないが重要性の実感が湧かない
HPゲージが見えるようになったことで今ならそれが勘違いであることはすぐわかるはずだし、いたとして気にするほどのことか？というのが正直なところ
貫通する武器が存在する理由に関しては仮説以上の見解は持ち合わせてないので詳しい人と別で議論してほしい
スナイパーライフルは障害物を貫通するだけの威力があるよねっていうイメージの問題かもしれない
自分が言いたいのは現状貫通していない武器については直感性を犠牲にしてまでわざわざ貫通する仕様を求める意味を見出せないということだけ
イカ研は何を思って味方が弾を吸う仕様にしたんだろうという問いに対してはある程度仮説として成り立つことを言ってるつもりなんだけどな……