1.については問題ないと思います。
2.については、分離自体には賛成ですが、属性や組織で分けている「所属不明・複数地域で活躍する人物」と活躍地域で分けている「その他の国々」をごちゃ混ぜにするのには反対です。
そもそも「その他の国々」については、カーンルイア→この先も登場人物が延々増えることが予測される(というか前にも分離案はあった) 淵下宮→ジュラバドやレムリアが元地域と同じページにある以上、こちらも稲妻に統合した方がよい シムランカ→ドゥリン以外残す意味が見当たらない と考えられるので、アビス教団の項目をカーンルイアに移して単独ページにする方が良いと思います。
あと、旅人とその関係者についてはメインページに残すのも良いと思います。物語の中心人物がその他ページに雑多に押し込まれるのは収まりが悪いでしょうし。
3.については、仙人や妖怪のように各地域に完全に固有のものは移設してよいと思います。魔神・降臨者・元素龍といった種別単位の説明についてはメインページに残しておいた方が親切だと思います。
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反対というわけではないのですが、淵下宮(白夜国・常世国)が独立した項目になっているのは、存続期間が長い上にその大部分が地上の歴史と無関係なため、今の七国の項目が時代区分別に記述されていることと併せて、どの位置に入れ込むか決めるのが難しかったためです。
ですのでページ単位で稲妻と統合するのは問題ないと思いますが、ページ内での記述においては見出しなりなんなりで稲妻本体ときっぱり分けたほうが良いように思います。
存続期間が長いとはいいますが、実際には成立から珊瑚宮移住までを含めても魔神戦争期に収まる程度でしかないので、そのまま見出し3で2000年前までの区分に入れてしまってよいと思います。見出し3内でもさらに細かく時系列を整理したいのであれば災厄期ナタの項目のように罫線で分ける方法もあります。個人的にはむしろ、淵下宮→珊瑚宮の推移やオロバシとの関わりを明確にすべく、東征勢力等の記述とうまく統合した方が見やすいと思います。
白夜国は確かに魔神戦争期に収まりますが、その前の常世国は魔神戦争より前から存在する可能性が高いと思います。ただ、国ではなく今項目のある人物単位でみると魔神戦争以前に当たるのは(実在前提で)パネースとイスタロト、あとアビサルヴィシャップくらいなので大分少ないというのは分かります。
あと、淵下宮→珊瑚宮の推移を明確にしたいというのも分かります。どういう構想かは想像できていませんが私も興味があります。なので私の意見は一旦取り下げます。