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もう期間が過ぎてしまったのですが(1チームで敵2体を倒し切る編成)×2なので前者の認識で良いです
達成度が1チームしか反映されてないのは途中でリセットしたりしてませんか？
1編成で倒した後、リセットかけて同じ敵を別の編成で倒してもそれは2/2扱いにはなりません
もし何もしてないのに未達扱いならバグに当たってしまったかもしれません
自分は前編成をウロコをミリ残しで終えるように調整して「ウロコ+探索者」を倒し切るチームと、サギをミリ残しで終えて「サギ+シギルム」を倒し切るチームでクリア出来ました
R2のHPが681万5000なのでスコア換算6815、だから7000点獲れる編成が2つあればクリア可能なミッションのはずです
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