1.カーンルイアの移設は予定通りでよいとして、教団は移設でもメインページに残すでもどちらでもよいと思います。移設であればカーンルイアとのつながりを参照しやすく、メインページ維持であれば本作のメインヴィランの一つであることが明確にできると思います。
白夜国については変わらず移設賛成です。考察記事だからといって、物語上の関わりや参照時の利便性を無視してまで形式的な分類を厳密に適用することに意味はありません。トーマがモンドではなく稲妻の欄に記述されているのは何故でしょうか? 千織が稲妻ではなくフォンテーヌの欄に記述されているのは何故でしょうか? ましてや、メインページのincludeを廃止し個別ページのみで運用することになった現在、これまで以上に個別ページ内で情報が完結するように努めた方が良いと思います。
残るその他の国々についても一旦廃止でよいです。今後闇の外海に属する国が出てきたとしても、白夜国のように既存国家と関係が深いのであればそちらに書けばよいですし、そうでない国を本格的に探索するのであれば情報量的にまずその国の名でページを立てる流れになると思います。シムランカについては……あの内容をあえて残したいのであれば、「期間限定イベント」のページを立てて金リンゴ群島やヴェルーリヤ・ミラージュのまとめと並べた方が適当かと。
2.ちびドゥリンについては>> 351と同じくモンドドゥリンとの統合は避けたいです。個人的には現時点では放浪者の欄に定義リスト2で追記しておくのが無難かなと思います。今後何かしらのこと(人型化してプレイアブルとか?)があったらそのとき考えましょう。
3.これについては自分の言葉が足りなかったのもありますが、「所属不明・複数地域で活躍する人物」については最初の提案に倣って「その他」扱いで個別ページに分離してしまって問題ないと思います。その際にアビス教団と同じ扱いで天理と影をメインページに残すかは任せます。
あと見出しを整理するなら「旅人とその関係者」→「メインキャラクター」、「種族・血族・団体」→「関連用語まとめ」とするのがよいかと。
4.今から形にするのは流石にもう無理だと思います。廃止でよいでしょう。